1606 Am 6. Februar zerstören die Einwohner von Häuser und Agathazell das Wehr bei der Mühle an der Ach oberhalb Rauhenzell, weil bei heftigem Regen dadurch ihre Felder überschwemmt werden.

1610/1611 Erste Erwähnung eines “deutschen Schulmeisters” in Rauhenzell.

1620 im Oktober werden mit Zustimmung des Augsburger Bischofs Heinrich von Knöringen die beiden gering dotierten Pfarreien Agathazell und Rauhenzell vereinigt. Das Besetzungsrecht sollte abwechselnd den Bischöfen von Augsburg und den Herren von Laubenberg zustehen.

1641 wird durch den Bischof von Augsburg dem Hans Lacher von Rauhenzell die Erlaubnis erteilt, dort eine Wirtschaft zu betreiben. Allgerdings muß dieser das Umgeld (Herrschaftsabgabe) nach Fluhenstein bezahlen, weil nur der Bischof das Recht hatte, Wirtshäuser, Badstuben, Schmieden, Mühlen u. ä. in seinem Forstbereich zu erreichen.

1647 Nach dem Aussterben der männlichen Linie der Laubenberger fällt die Herrschaft Rauhenzell an das Haus Pappus-Trazberg. Am 12. Dezember wird dem Herrn Johann Andreas von Pappus und Trazberg, der Rechte Licentiat, Geheimer Rat und Tirolischer Kanzler, zu Rauhenzell gehuldigt. Damals waren außer dem Schloßgut zu Rauhlaubenberg nur sechs Güter zu Rauhenzell und Au bewohnt.

1654 wird erstmals ein Steg erwähnt, der zwischen Rauhenzell und Immenstadt über die Iller führt. Der Lastenverkehr wurde bis zum Bau der Illerbrücke im 19. Jahrhundert über die “Untere Zollbrücke” bei Stein abgewickelt.

1693/1694 Großer Kirchenumbau für 415 Gulden. Das Kirchenschiff wird erweitert und erhöht. Der spätgothische Dachstuhl bleibt dabei erhalten. Er wird abgenommen und von dem Immenstädter Müller Georg Habisreutinger für die Dauer der Bauzeit “aufgehöbt”. Der Maurermeister Jakob Schneider aus Immenstadt erhält u. a. den Auftrag “er solle den alten Bestich und Gemähl in der Kirche hinweg buzen”. Dadurch gehen vermutlich die aus der Erbauungszeit der Kirche stammenden Fresken verloren.